Kota Yogyakarta dan wilayah sekitarnya mempunyai beberapa museum yang meyimpan benda peninggalan sejarah dan budaya serta sumber ilmu pengetahuan.
Beberapa museum penting yang ada meliputi: (courtesy: wikipedia)
- Museum Sonobudoyo, museum negeri provinsi, Unit I di Jl. Trikora (lokasi), Alun-alun Lor Keraton Yogyakarta dan Unit II di Dalem Condrokiranan, Jl. Wijilan, Kota Yogyakarta.
- Museum Affandi di Jalan Solo (lokasi)
- Museum Wayang Kekayon atau di Jalan Wonosari Km 7, Yogyakarta, (lokasi).
- Museum Ullen Sentalu di Jl Boyong, Pakem
- Museum Pusat TNI AU "Dirgantara Mandala" di Lanud Adisucipto
- Museum Seni Lukis Kontemporer Nyoman Gunarsa di Jl. Wulung, Papringan, Depok, Sleman.
- Museum Benteng Vredeburg di Jl. Ahmad Yani, (lokasi)
- Museum/Monumen Pahlawan Pancasila, Kentungan, Condongcatur, Sleman.
- Museum Keraton Ngayogyakarta dan Museum Kereta di dalam kraton Yogyakarta
- Museum Puro Pakualaman di Jl Sultan Agung, Yogyakarta.
- Museum Batik Yogyakarta di Jl. Dr. Sutomo, Yogyakarta.
- Museum Dewantara Kirti Griya di Jl. Taman Siswa 31, Yogyakarta.
- Museum Monumen Pangeran Diponegoro "Sasana Wiratama" di Jl. HOS. Cokroaminoto, Tegalrejo, Yogyakarta. (lokasi)
- Museum Pergerakan Wanita, Kompleks Mandala Bhakti Wanitatama, Jl. Laksda Adisutjipto No. 88, Yogyakarta.
- Museum Perjuangan Yogyakarta, Jl. Kolonel Sugiono No. 24, Yogyakarta.
- Museum Pusat TNI AD "Dharma Wiratama", Jl. Jend. Sudirman No. 75, Yogyakarta.
- Museum Sasmitaloka Panglima Besar (Pangsar) Jenderal Sudirman, Jl. Bintaran Wetan No. 3, Yogyakarta.
- Museum Monumen Yogya Kembali, Jongkang, Sariharjo, Ngaglik, Sleman.
- Museum Batik Yogyakarta, di Jl. Dr. Sutomo 13 A Yogyakarta
- Museum Tembi (Rumah Budaya Tembi), Jl. Parangtritis Km 8,4, Bantul.
- Museum Biologi UGM, Jalan Sultan Agung No. 22, Yogyakarta.
- Museum Geoteknologi Mineral, kompleks Universitas Pembangunan Nasional "Veteran" di Jl. Babarsari No. 2, Tambakbayan, Yogyakarta.
- Museum Kayu Wanagama, Desa Bunder, Kec. Playen, Gunungkidul.
- Museum Kebun Raya Gembiraloka, Jl. Kebunraya, Yogyakarta.
- Museum R.S. Mata "Dr. Yap", Jl. Cik Di Tiro No. 5, Yogyakarta.
- Museum Candi Prambanan, Kompleks Taman Wisata Candi Prambanan, Sleman.
- Museum Batik "Ciptowening", Imogiri, Bantul.
- Museum Anak "Kolong Tangga", Teras lantai II, Taman Budaya Yogyakarta, Jl. Sriwedani, Yogyakarta.
- Museum Karbol TNI Angkatan Udara. Kompleks AAU
- Museum Tani, Bantul.
- Museum Sandi, Jl. Kolonel Sugiyono, No 24, Yogyakarta, Gedung Museum Perjuangan Yogyakarta (Lantai II)